Nella piazza dedicata a Leonardo da Vinci, proprio nel cuore antico dell'abitato, sorge questa celebre, storica dimora costruita a partire dal 1483 per volere di Giovanni Melzi. Il nobile edificio di gusto rinascimentale, elegantissimo nela sua lineare semplicità, domina dall'alto lo scenografico giardino, che con ampi terrazzi panoramici digrada verso il naviglio della Martesana e l'avvallamento dell'Adda.

Il suo aspetto attuale risente però di successivi interventi, che in parte modificarono l'architettura originaria. La fama della villa si deve soprattutto al fatto di aver ospitato, tra il 1506 e il 1513, Leonardo da Vinci, a quel tempo al servizio della corte milanese degli Sforza. Proprio nella nobile dimora di Vaprio il gieniale artista toscano elaborò studi idraulici entrati a far parte del Codice Atlantico, una preziosa raccolta di appunti, progetti e schizzi gelosamente custodita nella Biblioteca Ambrosiana di Milano.

Anche se non trova conferma sicura in documenti del tempo, la tradizione vuole riconoscere un intervento di Leonardo anche nel grande affresco nella galleria al primo piano. Il dipinto sulla parete, detto il Madononne, si dice concluso intorno al 1510 da Francesco Melzi, su disegni e con la supervisione i Leonardo stesso che al nobile proprietario della villa impartiva lezioni di pittura.